在第二部里，包拯（陆毅 饰）已经褪去了初生牛犊不怕虎的生涩和冲动，而成了稳重有担待的县城父母官，偏安一隅为民请命。这天收到皇上急召回京，查办收受贿赂贪污的官员接连连续死亡的案件。少年包青天再次出动，而沿路上在各个案件里遇见的王朝马汉、张龙赵虎，日后都会是我们熟悉的大名鼎鼎的包公身边的护卫人物。公孙策（任泉 饰）已然拜服在包拯的聪明才智下，甘愿辅佐他办案。这次遇见的姑娘的是惯偷小蜻蜓（范冰冰 饰），活泼捣蛋的她一直身份神秘，直到案件去到大画家冯止水事件，大家才明白小蜻蜓的身世悲惨：收养她的义父自小视他如己出，为她亲笔作画《牡丹亭上的少女》，内藏一秘密。后来失踪于江湖再无音信，多年来小蜻蜓用尽办法找寻义父下落皆无消息，这次唯有希望包拯能查出事情真相。

那是个武林的黑暗年代，自从李寻欢等大侠相继引退，正道后继无人，江湖被五大邪派势力肆虐。吕南人因争夺不秘绝艺飘香一剑，被同门出卖，几乎殒命，幸得神秘高手老李救起，带回了正道的藏身之所聚贤山庄。老李看出吕南人良知未灭，栽培其成为新一代正派领导钟静之左右手，却因曾经行恶而得不到少庄主孙敏的信任。　　吕南人本仍心系邪道，因跟孙敏等相处日久，渐渐被其感化，行事手法开始改邪归正。而另一方面，天争教教主得知吕南人下落，千方百计诱导吕南人成为自己的棋子，欲一举消灭聚贤山庄。吕南人本想置身事外，却因难舍跟孙敏与老李之情，毅然出手。

本片从独龙江公路隧道两侧不同的人物及不同的生活环境为背景出发，讲述了一位独龙族女孩学成归来、报效家乡的故事……

故事发生在上世纪三十年代的老上海。辖区发生一起綁架案，探长钟朗（钟汉良 饰）从智障小孩阿定的只言片语中断定，作案人是两年前出现过的掘墓人，由于当时探员宁二昆（赵毅 饰）的疏忽，曾造成廖家两兄弟双双死亡...

解放前的旧上海，各方势力汇集于此，此消彼长，横行霸道。青龙帮与麒麟帮两大黑道势力为争霸主地位经常大打出手，血溅街头。某天，青龙帮三名成员横尸街头，医科大学女教授于胜男（齐芳 饰）以及巡捕房“老虎探长”钟朗（钟汉良 饰）、实习探员韩非（释小龙 饰）相继赶到现场调查。结果发现死者均系枪法极准的高手用“达姆弹”射杀，钟朗断定凶手是有着军方背景的狙击手所为。与此同时自称北伐军独立团老兵的刘天河出现在他们面前，并向众人透露凶手的真正身份。另一方面，青龙帮老大认定手下是为麒麟帮所害，双方剑拔弩张，上海滩即将掀起一场史无前例的血雨腥风。　　为了避免更大规模的械斗，钟朗必须争分夺秒找到真凶……

1945年8月9日，苏联红军对日宣战，抗联国际旅的战士们提前潜入猛虎山麓的远东第一巨炮附近，为轰炸机指引目标，年纪最小的战士彭克虎受到大家的保护，他们不忍心在对日寇的最后一战时让彭克虎再次冒险。然而他们的任务却没有能及时完成，巨炮开火摧毁了西伯利亚铁路桥，苏军面临巨大危险，抗联国际旅的战士们决定不惜一切代价也要完成摧毁巨炮的任务。彭克虎发现有大批日本开拓团的人拖家带口地逃进要塞避难，便冒充开拓团潜入要塞地下通道，而驻守虎头的日军也在猛烈进攻下陷入恐慌，代理司令官的勤务兵藤井树也是一个少年，他由恐慌到疯狂，在短短几天里经历了人生最残酷的历练，尤其是在日本天皇发布投降诏书，而要塞司令官却不肯相信，还杀死前来劝降的军使，执意顽抗到底时，这个少年也陷入疯狂，两个同年龄的少年终于在要塞规模宏大的地下工事中相遇，一番殊死搏斗，彭克虎终于闯进了巨炮的炮塔，手无寸铁...

陈天生办案能力越来越高，在上海滩名声几乎要盖过父亲陈亨利，不由得有点飘飘然。没想到马上栽了跟斗。一次国画展上，陈天生意外结识了漂亮聪明的女记者晓蕙，与此同时，一伙盗贼暗暗实施着盗画行动。天生通过观察，认出了扮成巡捕的窃贼并将其抓捕。关键时刻，晓蕙也发现了化装成安保人员准备偷画的窃贼。就在他们为抓住偷画贼庆幸时，美术馆长发现馆内一副价值连城的王维失传名作《卧雪图》不翼而飞。通过对偷画贼的审问，发现偷《卧雪图》的另有其人。陈亨利拜访《卧雪图》的主人梁仕友。但是亨利发现梁仕友在提到画的来源时闪烁其词，似有隐瞒。而天生则发现梁仕友的儿子梁旭是个纨绔子弟，经常混迹赌场，并且在书画即将展出前几天行为怪异，不禁让人心生怀疑。通过一个赝品画师的线索，天生发现梁旭确有盗画企图。可是亨利却认为案子并没有这么简单。果然，种种证据表明盗画者并非梁旭。天生再回到对三个偷画贼的...

上海法租界臭名昭著的燕子窠烟馆老板邱连魁在其寓所被害。巡捕房对盗窃嫌犯展开抓捕时，参与盗窃的嫌犯却连环被杀. 而种种证据表明，凶手在杀人前对死者进行了拷问，他究竟想从死者身上问出什么秘密？

舞龙闹元宵的现场发生一起命案。舞狮队师徒之间的一段爱恨情仇也随之暴露。陈亨利马上下令封锁现场，因为裘振海最后死亡时，龙阵就像蛇盘一样，团团的将他围住，所以凶手一定就是这个龙阵的某个人……

上海法租界老城区发生一起凶杀案。案发现场除了死者财叔外，还有受伤昏迷的上海华声广播电台播音员蓝妙如。蓝妙如双目失明，长期租住在财叔的房子里，与财叔常有往来。凶杀案发生后，巡捕房探长陈亨利带儿子陈天生出现场勘察。从现场勘察的结果和蓝妙如苏醒后的回忆推断，天生认为凶手应该是两个人，而蓝妙如就是“目击者”。　　蓝妙如是陈探长夫人的崇拜偶像。蓝妙如出院后被陈太太接到自己家，安排在儿子天生的房间。从蓝妙如就餐时的反应和黑暗处时的神情来看，天生觉得蓝妙如作为“目击者”似乎有些问题。妙如稍有好转就到电台上班，借助媒体记者的关心，蓝妙如规劝凶杀案的两名凶手投案自首。　　媒体的报道激起凶手江涛和豹子的气愤，也为蓝妙如招来杀身之祸。月上树梢，回到财叔公寓的蓝妙如遭到袭击，现场留下公寓底下开赌场的方文华的尸体。财叔的案情还没有进展，方文华又遭谋杀，而且现场遗留物显示凶手为同一...

位于法租界内的爱丁堡大学在校园东南角掘井时挖出两具尸骸。巡捕房陈探长闻讯带着儿子天生出现在现场。根据尸骸构架，天生初步推断死者是一双男女；在对尸骸现场处找到的手表、耳环、戒指进行鉴定时，法医韩玲惊骇而痛苦的发现，死者中的女性竟然是自己十年前突然失踪的妈妈宋敏，另一名男性死者应该是妈妈的同事梁仲平。　　奇巧而惊骇的发现让韩玲陷入痛苦的回忆：十年前的1921年12月17日，妈妈和同事梁仲平去北京出差，从此杳无音信。从韩玲的回忆中寻找蛛丝马迹，陈探长和儿子天生前来拜访梁仲平的遗孀周心美。自从丈夫梁仲平失踪后，学校安排周心美带着精神有些异常的儿子梁远负责管理学校图书馆。　　拜访周心美，天生除了得知宋敏、梁仲平、王世杰十年前作为学校三名教授师从于宋敏的丈夫韩达仁、长期从事科学研究以外，还发现精神异常的梁远对数字特别敏感，尤其是不自主地念叨的诸如1921 1217 ...

上海赫赫有名的纺织业大亨廖政鸿家中发生命案，廖政鸿的独生子廖英琪一觉醒来发现一死相恐怖的女子离奇吊死在自己的卧室内。此案发生之后谣言纷纷，不少人认为廖宅一向传言闹鬼，一定是恶鬼所为。更奇怪的是，廖家人一口否认认识死者。案情蹊跷、舆论压力随之而来，陈探长受命侦察此案。和陈探长同时对案情表现出兴趣的，还有陈探长的儿子陈天生。陈天生留学德国，回国后在巡捕房做了翻译员。勘查过现场后，二人觉得此事并不简单。　　况且廖英琪举止怪异，父子二人不禁心生怀疑。经过一番调查，陈天生发现很多疑点，廖英琪的卧室并不是第一现场，被害女子是被人勒住脖子窒息而死再吊上去的。更奇怪的是，廖家的花园疏于管理，到处一片颓废的景象，唯独玫瑰园花繁叶茂，而且禁止外人进入。而廖家人似乎每人都有一个秘密，令人摸不着头脑。经过多方调查，陈天生查出死者叫姚红，是一家歌舞厅的舞小姐，并且怀有三个月的身...

在法租界内，博爱福利院的前院长丁从文在公寓中被残忍杀害，但现场的线索让人疑惑：凶手并未急于逃离。这样残酷的行径究竟是谁所为？更加奇异的是，现场的烟蒂和灰烬似乎隐藏着某种不可告人的秘密。陈亨利探长带着儿子天生迟迟未能有所突破。与此同时，上海大亨林权的儿子在苏州遭绑架，林权迫使陈亨利进入林家公馆，负责林家公子林韫的解救。　　通过博爱福利院的调查资料，陈探长发现绑匪掳走的并非无关人士，而是二十年前由林权和家中丫环翠玉所生的私生子小五。翠玉去世后，小五成了孤儿，被丁从文收养。绑匪要求天生前去苏州解救人质，但任务却以失败告终。回到上海后，一连串离奇事件接踵而至。

上海租界接连发生蹊跷命案，雷击致人死亡案还没查出个头绪，一名神秘男子在惨遭暗杀、用血指写下两横后暴毙于巡捕房。案情蹊跷、舆论压力随之而来，陈探长受命侦察。和陈探长同时对案情表现出兴趣的，还有陈探长的儿子陈天生。天生留学德国，回国后在巡捕房做了翻译员。　　在对雷击案死者的勘察中，天生从死者身上烧残的一块衣角、和从口袋里掏出的残缺照片上看出点名堂。拿着残缺的照片，探长父子求证于考古学罗教授，从罗教授那里得知照片背景石碑上的文字是蒙古语“受命于天、既寿永昌”的意思。受这句咒语护佑的陵墓，一般下葬的是蒙古大汗。　　从罗教授家回来，两起蹊跷命案与秦始皇()的传国玉玺有关的推断，在陈家父子的心里打定。如此一来，两个遇害者系照片上五名盗墓者中的两个，也在陈家父子的心里达成共识。再次拜访罗教授，陈探长挖掘出一个叫“王胡子”的盗墓者外，细心的天生好像还有别的收获。　　满租界...