日本。

在伊豆海岸航行的一艘赌船上，铁龙会会长遭到年轻保镖石川五右卫门的袭击，石川五右卫门救了他。然而，紧接着发生了巨大的爆炸，船被毁了。老板也失去了生命。爆炸的起因是一名使用斧头作为武器的大汉。五右卫门曾一度将这名男子逼入绝境，但他成功逃脱。与此同时，成功从赌船上偷钱的鲁邦三世、次元大辅和峰不二子在海上的船上目睹了这一事件。

《百慕大之魂》

——这就是所谓的大人物。一名代号为霍克的士兵，曾在战场上杀死了2000人。为什么日本的公安督察钱形会追随霍克的脚步？

在老板的葬礼上被贴上叛徒标签的五右卫门追赶霍克以报耻辱。

知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
　　同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…
　　兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！

《鲁邦三世》首度以3DCG制成的电影版作品，那个大名鼎鼎的亚森‧鲁邦唯一失手的秘宝「布列松日志」，传说若能解开日志之谜，就会获得庞大的财宝。瞄准了这个目标的鲁邦，邂逅热爱考古学的少女蕾蒂西亚，两人决定合力解开谜团。然而，企图得到布列松日志的秘密组织研究人员‧兰贝尔，以及操控组织的神秘男子‧杰洛特却阻挡住两人的去路……。隐藏在布列松日志里令人震惊的真相究竟是！？巴黎、墨西哥、巴西——前所未有的大规模夺宝战即将开幕！