宁采臣（张国荣 饰）与燕赤霞（午马 饰）安葬好小倩的骨灰后，分道扬镳。宁采臣回到世间，正是奸臣当道，朝政混乱，民生困苦的时代。宁偶入一家黑店，险被残杀之际又被捕快误抓入狱，遇到名士诸葛卧龙（谷峰 饰），得其相救。逃出狱后路经一所荒寺，被年青鬼马道士知秋一叶（张学友 饰）缠上，误会不断。山庄中阴森恐布，隐藏着一只巨尸，然巨尸未现，却出现一伙白衣鬼魂。宁偶摘掉其中一女子面具，发现其竟与昔日恋人小倩（王祖贤 饰）一模一样……

方世玉（李连杰 饰）、雷婷婷（李嘉欣 饰）、陈家洛（郑少秋 饰）一行抵达红花会总舵。红花会事业蒸蒸日上之余，帮内争权夺势的斗争亦未停息，堂主于镇海（计春华 饰）因不满父亲传位陈家洛，几次三番找人行刺未果，方世玉出面当众斥责，两人结下仇怨。　　陈家洛命世玉等人抢夺扶桑武士护送的一锦盒，虽有苗翠花（萧芳芳 饰）出手相助，但任务失败，期间世玉再次相遇对其芳心暗属的两广总督之女安儿（郭蔼明 饰）。为再次抢夺锦盒，方世玉受命接近安儿，却被两广总督算计，危急时刻安儿救得世玉等人性命。世玉辱命，被陈家洛假意废去武功，锦盒之内的秘密被于镇海发现，李国邦（元奎 饰）身死，陈家洛被囚，于镇海坐上总舵主之位。方世玉伤愈归来，准备不惜代价铲除红花会叛徒。

在美国赌坛叱咤风云的至尊雷力（谭咏麟 饰）接受台湾赌王蔡山河（陈松勇 饰）的挑战，两个赌坛传奇准备在澳门展开风云对决。赴约途中，雷力先去香港探望多年未见的表妹，结果遭遇小老千莱斯利（陈百祥 饰）和大弟（刘德华 饰），二人合谋骗去雷力的钱财，并害其身陷囹圄。在得知雷力身份后，利欲熏心的他们更胆大包天冒充至尊前往澳门。　　另一方面，蔡的手下图谋不轨，私下招兵买马，欲借此机会除掉老大和雷力。毫不知情的莱斯利和大弟惹出一堆笑话。不久，雷力尾随而至。他将计就计，命令莱斯利二人继续演戏，相机而动。风云对决尚未开始，火药味早已四处弥漫……

1905年，香港中环。革命志士惨遭暗杀。知悉孙中山（张涵予 饰）即将抵港，清廷遂派遣将军阎孝国（胡军 饰）前来剿杀。他收买赌徒沈重阳(甄子丹 饰)作密探。适逢商人李玉堂(王学圻 饰)之子李重光(王柏杰饰)考学庆典，沈重阳见前妻月茹(范冰冰 饰)与幼女已成他人家眷，黯然离去。为护孙，《中国日报》社长陈少白（梁家辉 饰）邀戏班班主（任达华饰）出手，令其惨遭灭门，其女方红(李宇春 饰)侥幸生还。陈少白被擒，与阎孝国相见，师生决裂。独子游行好友被擒等变故，使李玉堂投身革命，引得探长史密夫(曾志伟 饰)查封报馆。其间，李玉堂帮车夫阿四(谢霆锋 饰)与恋人阿纯（周韵 饰）订婚。月茹夜会沈重阳，要他弃暗投明。打女方红、小贩王复明(巴特尔 饰)、乞丐刘郁白(黎明 饰)等人也先后加入护孙行列。一场惊心动魄的全城追杀由此展开……　　本片投资1.5亿人民币，史上首度以 1：1的比例，在上海重铸了1905年的香港中环。

1997年，作为联合国选出的“十大未来领袖”之一的靳铁生博士正陷入了一场谋杀阴谋，其他几位未来领袖先后身亡，期间全港通讯出现故障，有人死于人体爆炸……警方迅速展开对靳铁生的保护，然而靳铁生仍然沉浸在失去女友Adele的痛苦之中，他拒绝了英国MI6部门的保护，要求自己的小学同学——CID焦大鹏贴身陪伴自己。随着焦大鹏和MI6的调查深入，众多嫌疑对象被一一排除，然而靳铁生再次遭遇怪事——死去的Adele送给他一张卡片，卡上正是一位MI6重重保护中的人物的地址，而此人很快消失无踪。警方侵入某日本网络系统，获得了一连串事件背后策划者的部分信息——他们关注了大量各宗教经典中对于世界末日的描述。这时，Adele再次出现，留给靳、焦两人前往布拉格机票，在那里，也许有所有问题的答案…

黑社会洪兴社的屯门区话事人恐龙被东星社的耀扬杀害后，龙头蒋天养（万梓良）决定从山鸡（陈小春）和生蕃中选出一个填补该空缺，铜锣湾的话事人浩南（郑伊健）深知该职的压力，力劝山鸡放弃与人争权夺位，但苦劝无效。生蕃为打压山鸡，勾结耀扬设下诡计，令山鸡好友大天二死于非命。